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出國(guó)看病:大數(shù)據(jù)確定新的癌癥風(fēng)險(xiǎn)基因

【本文為疾病百科知識(shí),僅供閱讀】  2018-07-17  作者:厚樸方舟  

基因,英文是「Gene」,是 「開始」 、「生育」 的意思。這個(gè)名詞較初是由丹麥學(xué)者約翰森提出來的。說到底,基因就是有遺傳效應(yīng)的核酸片段。許多遺傳因素都會(huì)導(dǎo)致癌癥,有些突變來自你的父母,有些是從其他外因或你自身 DNA 復(fù)制來的。大規(guī)?;蚪M測(cè)序已經(jīng)有能力區(qū)分體細(xì)胞突變(somatic mutations)所引起的癌癥,但是在鑒定哪些癌癥可能來自父母遺傳變異方面并沒有那么有效。
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癌癥風(fēng)險(xiǎn)基因
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現(xiàn)在,巴塞羅那基因組調(diào)控中心(CRG)的一組研究人員在 Ben Lehner 教授的領(lǐng)導(dǎo)下開發(fā)了一種新統(tǒng)計(jì)方法——從腫瘤基因組測(cè)序大數(shù)據(jù)中,提取癌癥易感性基因。相關(guān)研究論文 刊登 在了《Nature Communications》雜志上。
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論文靠前作者、CRG 博后研究員 Solip Park 解釋道:“我們的計(jì)算方法源于一個(gè)古老的想法,即癌癥基因在導(dǎo)致癌癥之前需要‘出擊 2 次’?!?/div>
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該方法允許研究人員在缺乏控制樣本的情況下找到風(fēng)險(xiǎn)變量,也就是說,他們不需要將癌癥患者與健康人群進(jìn)行比較?!斑@是一個(gè)檢測(cè)新癌癥易感性基因的有力工具,”Park 說。
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該方法被命名為 ALFRED,研究人員利用它鑒定出了 13 個(gè)癌癥易感性候選基因,其中 10 個(gè)是全新的。我們將 ALFRED 套用于來自 30 種不同腫瘤類型的 10000 多個(gè)癌癥患者的基因組,成功找到了已知的和未知的導(dǎo)致癌癥風(fēng)險(xiǎn)的潛在癌癥易感性基因,Ben Lehner 說。
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“新發(fā)現(xiàn)的癌癥易感性基因?qū)υS多類型癌癥可能都具有重要作用,例如它們與 14% 的卵巢腫瘤、7% 的乳腺癌腫瘤和 2% 的所有癌癥都有關(guān)聯(lián)。其中,一個(gè)新發(fā)現(xiàn)的繼承變異風(fēng)險(xiǎn)基因‘NSD1’可能影響著 3‰的癌癥患者,”基因組數(shù)據(jù)科學(xué)實(shí)驗(yàn)室組長(zhǎng) Fran Supek 解釋。
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研究人員采用的是來自世界各地的癌癥研究基因組數(shù)據(jù),包括 TCGA(癌癥基因組地圖)項(xiàng)目,以及其他與癌癥無關(guān)的幾個(gè)項(xiàng)目。經(jīng)過測(cè)試,這種新方法可以提高我們對(duì)癌癥基因組學(xué)的理解,并利用公共數(shù)據(jù)進(jìn)一步促進(jìn)癌癥研究、診斷和治療。
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“這項(xiàng)工作強(qiáng)調(diào)了共享基因組數(shù)據(jù)的重要性。應(yīng)用新計(jì)算方法就能識(shí)別先前從未發(fā)現(xiàn)的重要癌癥基因。只有比較跨醫(yī)院、國(guó)家和疾病的數(shù)據(jù)資源,我們才能深入了解常見和罕見疾病。遺憾的是,許多研究者仍不愿意分享他們的數(shù)據(jù),這是需要積極改變的社會(huì)現(xiàn)狀。”

我們已經(jīng)進(jìn)入了醫(yī)學(xué)時(shí)代,根據(jù)基因的改變類型制定治療策略,這在乳腺癌和肺癌治療中效果非常明顯。比如肺癌中有八個(gè)癌基因,并且目前已經(jīng)可以找到相對(duì)應(yīng)的藥物進(jìn)行治療。基因檢測(cè)給我們帶來了極大地便利,未來我們能夠在小孩剛出生就進(jìn)行癌癥篩查,越早知道,越早預(yù)防,癌癥將不會(huì)難以戰(zhàn)勝的惡魔。

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